Колония получила своё неофициальное название по сооружённому в её дворе руками заключённых фонтану со скульптурой, изображающей чёрного дельфина[7].

В колонии содержатся не только пожизненно заключённые, но и заключённые с общим режимом.

В колонии поддерживается строгая изоляция от контактов между заключёнными. В камере находятся по два-четыре человека, однако есть заключённые, содержащиеся в одиночных камерах (например, людоед Владимир Николаев). Во избежание конфликтов сокамерники подбираются после работы с психологом.

Заключённые находятся под постоянным видеонаблюдением, спят при включённом свете. При выходе из камеры под конвоем за заключённым следуют кинолог с собакой. Подъём в 6 утра, после этого следующие 16 часов лежать и сидеть на койках категорически запрещается. Характерная черта колонии «Чёрный дельфин» — при переходе в другой корпус заключённым завязывают глаза повязкой для дезориентации, чтобы они не могли запомнить план колонии. Минимальное количество конвоиров, сопровождающих заключённого — три человека и кинолог с собакой. Каждые 15 минут по камерам проходят дежурные. Размер камеры составляет 4,5 м²[8], причём заключённые отделены от дверей и окон массивными стальными решётками; таким образом, камера представляет собой клетку в клетке. Из зарешечённого окна видна только узкая полоска неба. Ежедневные полуторачасовые прогулки заключённых проводят не на свежем воздухе, а в специальном закрытом боксе, представляющем собой каменный мешок под открытым небом с решётками вместо потолка. При хорошем поведении их могут увеличить до двух часов.